＜法人取引＞
ポイントサービスは基本的に個人向けのサービスであるが、発行元によっては法人名義のカードを作る事も出来る。ところで、業務に伴い法人の資金で物品やサービスを購入する場合、付与されるポイントは法人に帰属するべきであり、法人カードがあれば、そこへ付与するようにすれば良い。
しかし、法人カードをつくれない場合には個人名義のカードに入れざるをえない。また、担当者が故意に自身のカードにポイントを入れる事も考えられ、その様な場合の扱いが問題となる。ポイントを個人のカードに入れる事を許すと、出張の多い人、物品の購買担当者などが、会社の金でマイルやポイントを獲得して私するとして、不公平であるとの声もある。しかし、その一方で出張時に雇用者に出張費用を立替をさせているケースも多々ある。その結果、立替期間は企業から労働者への借金と見なせるため、精算までの期間の金利を支払えと反論されるケースもあり（とくに大学などの教育機関で見られる。年度予算執行の関係上、4月の出張旅費の費用精算が7
月までずれ込むケースも見られる）その金利分の代償としてマイルを個人帰属としているケースも見られる。このような場合におけるポイントの取り扱いについて社会的な合意は得られておらず、各々の法人・組織で対応が分かれる。
例えば、官公庁では会計検査院や法務省では、出張に伴って付与されるマイルを受け取ってはならないと規定しているが、その他の省庁では個人の判断に任されている。一般企業においても、明確に取り扱いが定められていれば、それに従う必要がある。更に、マイレージの場合は、一定期間内に一定量の搭乗マイルを獲得することで特別なサービスを受けられる事がほとんどであり（JALグローバルクラブ等参照）、これもポイントサービスの一環であることを考えると、法人と個人のポイントを切り分けるのが困難になりつつあるとも言える。
＜会計上の扱い＞
ポイントはポイントを発行する側において、将来の値引きを約束するものである。 このため、一種の負債として扱う事が可能であり、ポイント引当金として貸借対照表などに記載されることがある。
計算そのものはプリペイドカードの扱いと変わらず、 例えばプリペイドカードを顧客に販売したものの、紛失等で結局使われない場合であっても、その負債は会計上解消されない。同様に、顧客が獲得したポイントが永遠に有効で使用されないままであると、会計上負債が残ったままになるという可能性もある。ポイントサービスの多くはポイントの有効期限を定めているが、これは会計上においてポイント負債が恒久的に蓄積されるのを防ぐ役割を果たす。
例えば、クレジットカードのポイントや航空機のマイレージではポイント獲得した翌年度や翌々年度末まで有効などという有効期限を定める例が多く、家電量販店では最後にポイントを獲得してから一定の年月は有効などの規定が多く見られる。特に家電量販店のように売上高と比較して大量のポイントを発行した場合、資産に対するポイント負債の割合が多くなり、会計上の健全性の判断が難しくなるため、ポイントに有効期限を定めるのは会計上有効であると言えるだろう。ただし、顧客との契約概念に着目すれば、商品の対価に上乗せする形で金銭を預かり、これが一定期間後に一方的に利得とされることが公正な商取引と言えるかどうかは疑問の残るところであり、そもそも単純な商取引として完結すべきところへ会計上の健全性を損ねかねない曖昧な預かり金制度を介在させることの妥当性も論じられるべきであろう。
また、発行元が倒産した場合のポイントの扱いも現時点では不明瞭である。マイレージサービスでは航空会社が倒産した際に獲得したマイルが保全された例があるが、その他のポイントサービスでは、実例が無く、他の債権と同様に扱われるのか、また、債権と認められるならその優先順位はどうなるか、未確定の部分が多い。そのため、2007年1月6日に経済産業省がポイントサービスに関するルール作りを進める方針を明らかにした。
＜課税＞
現時点（2007年9月）では具体的な課税の有無や、その方法は定められていないが、獲得したポイントについて課税の対象とすべきか、また、ポイントを使った決済についての課税（消費税との二重課税の関係など）はどうするか、についての議論がある。
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